V roce 57 př. n. l. se Gabinius stal prokonzulem římské Sýrie a zabránil jednomu z potenciálních manželů Bereniky IV. v odchodu. Markus Antonius sloužil v jeho štábu, což bylo první oficiální veřejné jmenování Antonia, který neměl žádné projevy vojenského života nebo vojenské odpovědnosti. Antonius později úspěšně požádal o velení celé jízdy v Gabiniově armádě a stal se praefectus equitum. Gabinius zasahoval do judské občanské války, bojoval proti Alexandrovi z Judeje, který shromáždil armádu 10 000 pěšáků a 1 500 jezdců a vzbouřil se proti svému strýci Hyrkanovi II. Gabinius proti Alexandrovi vyrazil a poslal Antonia a některé další důstojníky napřed, přičemž Antonius byl celkově velitelem. Značnou část Antoniova vojska tvořily židovské jednotky věrné Hyrkanovi, zatímco byli zde také někteří narychlo vyzbrojení místní římští obchodníci, kteří byli ohromeni do služby. Alexandr se stáhl před bojem u Jeruzaléma, v němž byl ošklivě zbit. Více než polovina Alexandrových mužů byla zabita nebo zajata a on se stáhl nrotheast do pevnosti Alexandrion v údolí Jordánu. Gabinius se nyní připojil ke svému předsunutému vojsku a vzbouřenci byli znovu poraženi. Alexandrion se vzdal po obléhání, když byl Alexandr přesvědčován, aby se dohodl, a Antonius byl ponechán na starosti pevnosti, zatímco Gabinius vedl hlavní vojsko v demonstraci síly krajinou.
Alexandrovu otci Aristobulovi II. se však v roce 56 př. n. l. podařilo uprchnout z Říma a zmocnit se Alexandriona. Gabinius poslal Antonia a dva další důstojníky, z nichž jeden byl jeho syn, s vojskem, aby se vypořádali s čerstvou vzpourou. Aristobulus opustil Alexandriona jako neudržitelného a ustoupil přes Jordán směrem k pevnosti Machaerus a zbavil se příznivců neschopných nebo nevybavených bojovat a zanechal ho s 8000 vojáky, včetně 1000 dezertérů z královské armády. Aristobulus a 1000 mužů se dostali do Machaerus a připravili se odolat obléhání, ale Římané město po dvoudenním útoku dobyli a Aristobulus se znovu vydal do Říma jako zajatec.
Po vypuknutí Caesarovy občanské války v roce 49 př. n. l. vstoupil Gabinius do služeb Julia Caesara, ale nijak aktivně se neúčastnil války proti svému starému patronovi Pompeiovi. Po bitvě u Pharsalusu převezl vojáky do Illyrica a po napadení Dalmatiny se dostal do Salony. Zemřel na nemoc v roce 47 př. n. l.